De belangrijkste symptomen van IBD zijn vermoeidheid, diarree (vaak met bloed of slijm), buikpijn, vermageren en koorts. Daarbij komt geregeld valse of hoge stoelgangsnood voor. De ziekte van Crohn kan ook krampen, misselijkheid en braken veroorzaken.
Tot 40 % van de patiënten met IBD ontwikkelen symptomen buiten de darm. De meest voorkomende zijn gewrichtsontstekingen, huidletsels, oogontstekingen en lever- en galwegaandoeningen.